CDC EID: genomes reconstruct the 2016–2017 Zika wave in Puerto Rico

El 3 de octubre de 2021, esta mesa ancla en la carta de investigación de Emerging Infectious Diseases (volumen 27, número 11, noviembre 2021; DOI 10.3201/eid2711.211575) que reconstruye el origen, la dispersión y la evolución molecular del virus Zika en Puerto Rico durante 2016–2017. El trabajo, liderado desde el CDC en San Juan con Yale y colaboradores, no anuncia un grant nuevo: publica evidencia genómica de cómo llegó y se movió el virus en la Isla.

Puerto Rico reportó el primer caso confirmado de enfermedad por Zika en noviembre de 2015 y la transmisión epidémica alcanzó su pico hacia mediados de agosto de 2016. Aun con muchos casos confirmados por vigilancia tradicional, el origen, la dispersión intra-isla y la dinámica evolutiva seguían sin resolverse del todo. El equipo generó 83 genomas completos directamente de sueros PCR-positivos recogidos en las ocho regiones de salud entre marzo de 2016 y enero de 2017, y los analizó junto a 233 genomas publicados de GenBank que representan la emergencia en las Américas (2015–2017).

La filogenia reconstruida capturó al menos ocho eventos separados de introducción foránea en la ancestría de los virus secuenciados: dos que se expandieron en linajes autóctonos y seis introducciones representadas por secuencias individuales asociadas a genomas de Estados Unidos, el Caribe, Suramérica y Centroamérica, con dispersión limitada. El clado autóctono mayor, Puerto Rico clade 1 (PR C1), se vincula a virus de Suramérica y el Caribe (Brasil, Surinam, Guayana Francesa, Islas Vírgenes Estadounidenses y República Dominicana). Las estimaciones de tMRCA sitúan la divergencia de PR C1 a mediados de junio de 2015 (HPD 95% febrero–octubre 2015), con tasa evolutiva dentro del brote de 1.61 × 10⁻³ sustituciones/sitio/año. PR C1 se dividió además en dos subclados (SC1 y SC2) que se esparcieron por la isla.

El segundo clado autóctono, Puerto Rico clade 2 (PR C2), es un monofilético menor asociado a virus de Centroamérica (Nicaragua y Honduras). Su tMRCA cae en febrero de 2016 (HPD 95% octubre 2015–abril 2016), con tasa evolutiva similar (1.87 × 10⁻³). Al comparar la historia epidémica con las filogenias calibradas en el tiempo, el tMRCA de PR C1 precede la confirmación inicial de Zika en la Isla por unos 3 a 10 meses: hubo transmisión críptica que la vigilancia tradicional no captó a tiempo, un patrón ya descrito en Brasil y Colombia.

Los autores no detectaron asociación geográfica fuerte entre clusters filogenéticos y las ocho regiones de salud. Los gráficos Bayesian Skygrid muestran un aumento de diversidad genómica al emerger Zika en las Américas y fluctuaciones típicas de expansión rápida; en Puerto Rico el patrón espeja esa curva regional. El mensaje operativo: la epidemiología genómica integra lo que la vigilancia clínica sola deja opaco —casos leves, asintomáticos y solapamiento con otros arbovirus.

El proyecto recibió apoyo parcial del Advanced Molecular Detection Program del CDC y del start-up package de Yale School of Public Health a N.D. Grubaugh, más fellowships de Yale. Los agradecimientos citan a Ponce Medical School Foundation (grant U01CK000580), el Departamento de Salud de Puerto Rico y la Zika Task Force. Eso es funding de investigación y vigilancia, no un desembolso municipal de control vectorial: awarded research support ≠ disbursed mosquito-control cash.

Para borinquenmade.blog, el peg del 3 de octubre de 2021 es el documento peer-reviewed que fija la reconstrucción genómica del brote 2016–2017 con cifras concretas (83 genomas, ≥8 introducciones, PR C1/PR C2, ~10 meses de transmisión críptica). No inventa un allotment de 2021 ni suma money de VCU o ELC ya archivados en otras notas. Quien quiera el award de diciembre 2016 a la Vector Control Unit cruza con el archivo CDC; aquí el aporte es la ciencia de cómo se movió el virus.

En síntesis: EID 27(11) documenta que el Zika en Puerto Rico llegó por múltiples introducciones, formó dos clados autóctonos principales y circuló de forma críptica meses antes del primer caso confirmado. Sin fabricar desembolsos, la nota deja el primario genómico limpio para la pista de salud pública.